水分子通过水通道蛋白运输属于协助扩散，水通道蛋白是专门运输水分子的，其他分子或离子则不能通过。水通道蛋白（Aquaporin），又名水孔蛋白，是一种位于细胞膜上的蛋白质（内在膜蛋白），在细胞膜上组成“孔道”，可控制水在细胞的进出，就像是“细胞的水泵”一样。

水分子经过水通道蛋白时会形成单一纵列，进入弯曲狭窄的通道内，内部的偶极力与极性会帮助水分子旋转，以适当角度穿越狭窄的通道，因此水通道蛋白的蛋白构象为仅能使水分子通过之原因。