房改房产权纠纷的处理方式有：

1、调解，在第三者的主持下，纠纷当事人经过自愿协商;

2、仲裁，可以提请仲裁机关居中判明事实，依法作出裁决;

3、诉讼，依法向人民法院提起诉讼，以解决房改房产权纠纷。

【法律依据】

根据《商品房销售管理办法》第五条，国务院建设行政主管部门负责全国商品房的销售管理工作。省、自治区人民政府建设行政主管部门负责本行政区域内商品房的销售管理工作。