古代遗址都埋在地下的原因如下：

1、突发灾难：如火山喷发后的熔岩和火山灰可埋葬周围的都市和村落，发洪水的城市会被洪水带来的泥沙所掩埋，如北宋巨鹿城；

2、人为毁弃：如平整土地，倾倒垃圾渣土，或如因旧有道路不平整而在其上垫土找平，并另修新路；

3、遗迹的地面上部分被破坏，仅余地下部分，如上世纪的古代城址存于地面，由于后续生产生活破坏，现仅余存地下的基础；

4、由自然营力导致：如被废弃的城址会被风、水等带来的堆积物逐渐掩埋。