左宗棠为捍卫祖国领土、主权完整而作出的最大贡献，是他在19世纪70年代力排众议，克服种种困难，率师一举收复新疆地区。为收复新疆，左宗棠不畏艰苦，殚精竭虑，为西征筹兵、筹粮、筹转运。因军饷匮乏，不得不四处求告，甚至不惜背负骂名，重息举借外债。为提高西征军的战斗力，出关前还加强了部队的整顿和训练，配备了较为先进的武器，制定了“先北后南，缓进速战”的战略、战术原则；又重申军纪，严禁杀掠奸淫，并推行正确的俘虏政策，对被裹胁的俘虏发给衣服、粮食，予以释放，使敌人不稳的军心更加涣散，从而加速了阿古柏政权的崩溃。收复新疆之役在左宗棠的运筹帷幄和广大将士的英勇奋战下，在全国人民特别是新疆各族民众的大力支持下，一路势如破竹。从光绪二年六月至光绪三年十一月历时一年半，终于收复了除伊犁之外的全部失地。