独栋别墅交易税费按照非普通住宅标准进行税费缴纳，需要缴纳的税种包括个税、契税及营业税。契税是在土地、房屋权属发生转移的时候，向取得土地使用权、房屋权的单位和个人征收的一种税。因此，别墅也是需要缴纳契税的，契税应由取得土地使用权、房屋权的一方缴纳，且税率等政策对商品房和回迁房的规定和要求是一样的。

按照相关的法律规定，契税的纳税义务的发生时间，为纳税人签订土地、房屋的权属转移合同的当天，或者试纳税人取得其他的具有土地、房屋权属合同性质的凭证的当天。也就是说，契税应该是在办理房产证的时候缴纳。在实际操作中，有的开发商则表示，实际上通常的做法是在收楼时由开发商来代收契税。一般来说开发商在与购房人签订购房合的同时，会在补充协议里来约定购房人在收房时向开发商一次性交纳契税，否则不交房。