流经甘肃的内陆河水系主要包括以下三个，除此以外的内陆河水系均不属于流经甘肃的内陆河水系。

1、黄河流域水系：本流域分黄河干流、洮河、湟水、渭河与泾河五个水系。 这里年径流量大于一亿立方米的河流，除上述五个水系的干流外，还有各水系的一、二级支流31条。

2、长江流域水系：省内长江流域的嘉陵江水系，年径流量大于一亿立方米的河流共27条，其中包括西汉水及其支流；白龙江及其支流；白水江及其支流；嘉陵江干流及直接入嘉陵江的支流红崖河、永宁河、洛河及长丰河。

3、内陆河流域：内陆河分石羊河、黑河、疏勒河三个水系。年径流量在一亿立方米以上的河流有15条。其中石羊河水系有西大河、东大河、西营河、金塔河等；黑河水系有讨赖河、洪水河、马营河、梨园河等；疏勒河水系有疏勒河、党河等。