1、强制性的区别：住房公积金的缴存是强制的，而补充住房公积金的缴存是自愿的；

2、缴纳范围的区别：补充住房公积金的缴存范围在住房公积金缴存范围的基础上增加了限制，规定只有足额缴纳税款的企业和自收自支的事业单位及其所属职工可以参加补充住房公积金；

3、缴纳比例的区别：住房公积金的缴存比例为单位、个人各7%，其缴存额有上下限的限制，而补充住房公积金单位和个人的缴存比例，分别在不大于各9%不小于各1%的范围内，由单位自行确定，其缴存额没有上下限限制。