在火影忍者前期，主线其实是和任务相互挂钩的，鸣人他们一行人不断做任务，然后遇到主线的任务，在之后再提升技能，而且任务的样式不一定对战，还有保护和侦察等等。中忍考试之后，任务数量多了，可以升级忍者等级，或者去做暗部之类。
如果后期剧情不暴走，按照本岸初期设定，火影忍者有以下3个大系统：
1.任务等级和忍者等级
忍者等级和任务等级都有相互联系的，例如中忍考试的项目一二就是对应的任务类型缩影。不同等级忍者做不同的任务，类别也有不同，这是一个很开放的设定。可惜我们看到鸣人执行任务的次数实在太少，或者说是任务单一，都是见到敌人就开打的升级打怪流派。
2. 暗部和一般忍者
活在对话和回忆里面的暗部，开始大家对暗部都有种高大上的感觉，什么鼬小时候做过暗部队长，暗部做得都是极密任务等等。但在剧情中我们看到的都是暗部打酱油，而且有时候暗部忍者经常在一般上忍中忍面前装比，却没有看到他们有什么真正拿得出手的招式。
关键是，这样的一个类别忍者，为什么不让主角的12小强之一进去开拓一下呢，可惜是一个可以丰富剧情的机会。
3.通灵兽
初期本以为通灵兽是忍者必备，谁知道只有第七班是必备的。后期通灵兽已经被淘汰了，通灵兽前期有明确分类，治疗，攻击，侦察辅助等等，种类也很多，神兽，一般高级种，普通怪兽。
同样是和上面2个系统有密切联系，不同任务和忍者，使用不同的通灵兽。通灵兽不在于大，而在何时何地什么时候使用才是关键点。然而后期战场太大，如果你不是大型怪兽基本，就么有出场的意义，甚至你不是尾兽都不好意思出场，所以说卡卡西的八只狗到底是白养了。
以上三个系统设定，互相联系又各自独立，任务，暗部，通灵兽，可以写很多不需要太多实力但却精彩的忍者故事，其实读者喜欢的是和主角一起成长和有趣的故事。
奈何岸本后期脑洞不够大了，或是累了，或者忍者实力崩溃到收不住，导致这个3大系统设定变得酱油鸡肋。
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