《魔法禁书目录》的外传动画《一方通行》即将在明年播出，这部外传作品的动画化说明了一方通行超乎寻常的人气。而一方通行目前已经加入了学园都市的暗部组织，和土御门元春一样进行暗中执行各种隐藏在事件背后的任务的一员活动。
而《魔法禁书目录III》中，当麻被派去解决魔法势力的冲突，而暗部组织就在解决科学势力的问题，不过暗部组织内部分歧严重，也分成了非常多的不同门派。
何为“暗部组织”？
看过《火影忍者》的朋友可能对“暗部”这个词很熟悉，其实《魔法禁书目录》中的“暗部”，还是和《火影忍者》中的“暗部”有一些相似。《魔法禁书目录》中的“暗部组织”是一支直属于学园都市的决策高层统括理事会的组织，负责执行暗杀、灭口、对抗外来势力带来的威胁、研究黑科技、以及用暴力手段违和，以及消灭一些事件存在的证据的隐秘活动，简单说，把那些“不能让人看到的，肮脏的活”都给处理掉的部队。最高负责人为亚雷斯塔·克劳利。
暗部组织目前一共有9个势力，每一个组由4人组成，虽然说是暗中处理一些“麻烦事”的部队，但却将学园都市的大量精英学员纳入其中，因此各个势力的实力也得到平衡，但这样反而造成了不同势力的斗争。
集团
组成成员为土御门元春、一方通行、结标淡希和艾札力。一方通行作为最高战力在其中发挥作用，但却很难控制其行为，喜欢独自一人擅自行动。土御门元春是学园都市和英国清教双重间谍，是站在魔法阵营和科学阵营之间来回徘徊的男人，任务执行经验充沛，行动力几乎比当麻都更强；结标淡希以LV4的能力坐标移动，方便任务的完成；艾札力原来是中美洲最大魔法结社“有翼者归来”所属的魔法师，现在加入科学阵营，其能力可以轻易伪装成他人，因此非常方便间谍活动。
学校
名为“学校”的4人组，其中的头领为学园都市最上位的5人排名第2的垣根帝督，能力为“未元物质”，发动能力后从背后伸展出未知的白翼，可以进行飞行、攻击，也可以用作防御，被认为是“不存在于这个世界上的物质”。
道具
4人都是妹子组成的组织，名为“道具”。由学园都市排名第4的超能力者麦野沉利作为头目，其能力为“原子崩坏”，通过对电子的控制，发射出粒机波形高速炮，其破坏力巨大，不过却很难控制，因此评价低于御坂美琴。
其他几位组织成员为绢旗最爱，泷壶理后，芙兰达·塞伊文，另外滨面仕上是她们的跑腿的。这个组织拥有多名LV4的能力者，加之首领的LV5，可以说实力颇具竞争力。而泷壶理后在特定条件下几乎可以拥有LV5的能力水平。
滨面仕上为无能力者，也是这部小说的主角之一，为Skill Out无能力者武装集团的首领，性格和当麻类似，不会对没有帮助的人坐视不管，为了自己喜欢的人能和LV5展开斗争的勇者。
其他组织
除了目前剧情中出现以上组织外，在原作的小说中还有其他的暗部组织登场，包括“区块”、“人员”、“学习”“食尸部队”和“新入生”，当然还有第二季中追杀一方通行的“猎犬部队”。
布束砥信
被迫参与组织“学习”，成为组织的非正式一员，她是生物学精神医学领域崭的天才少女，参与“绝对能力者进化计划”，是“学习装置”的监修人。暗中干涉了计划。另外在“学习”的组织计划中，也对其进行了干涉，并且在御坂美琴的帮助下，拯救了菲布理和珍妮。
木原数多
暗部组织“猎犬”的头目。学园都市优秀的研究者，不过性格暴虐，草菅人命，对一方通行的能力研究透彻，可以做出比较有效的对策而可以正面对抗一方通行。被派命收回“最后之作”，并且向最后之作脑中投入病毒，最终被一方通行杀死。
