影片一开始惊恐的男主就被一个笼子从地下送上来，刚打开门就被围观的众人下的撒欢的跑，摔了一跤才发现自己身处围墙之中。
然后黑人小哥出现了，男主表示什么都忘了，小黑哥说这很正常，每个基佬村的男孩都不记得叫什么名字了。然后小黑哥告诉男主，这是迷宫幽地每个月都会送上一个男孩和物资
在晚上的篝火会男主和盖里摔跤，不小心撞到了头，想起来自己叫托马斯
晚上男主做了奇怪的梦，第二天被感染的本袭击了，米诺制服了他并赶进了迷宫，又过了一天，黑人小哥和韩裔小伙进迷宫调查什么原因让本在白天被感染，到晚上迷宫马上就关闭了，而米诺拖着艾尔比没在最后一刻钻出来而男主却钻进了迷宫（天哪！男主疯了）但奇迹的是第二天早上三人不仅回来了，还杀了一只鬼火兽（毕竟自带主角光环）
此时盖里不满了，认为男主打破了和鬼火兽之间的和平，希望处罚他，而二当家想让男主当行者。
这正在此时箱子提前一个月来了，并且只有一个女孩（男主梦里见过的）
手里的纸条表明他是最后一个被送上来的，醒来时并喊了托马斯的名字。而男主震惊的表示:她是谁，我不认识啊?
然后男主为了搞清对手说服了米诺再次进入迷宫 并在鬼火兽尸体上找到了某种装置。回到营地盖里嫌男主破坏规矩，而二当家关了男主一夜禁闭还封他飞毛腿了（指定有基情）
次日米诺给男主看了他做的迷宫模型，发现迷宫分八区但并没有出口。接着女主醒了，但只让男主靠近，并给了他两支不知道是啥玩意的针筒，随后感染的大当家马上就翘辫子了，被逼无奈男主把不明液体射到了大当家体内，大当家竟好了然后继续昏迷
次日男主同米诺探索第七区，利用不明装置找到了鬼火兽巢穴，但就在此时大地异变两人一度狂飙。回到营地后把所见告诉众人，此时大当家醒了恢复了记忆的他嘟囔着“你一直是他们的最爱”（我的天哪!男主你失忆前到底干啥的?）
这时男主几人被骚动吸引，原来天黑了本来应该关上的迷宫没关上，鬼火兽一阵割草，死了大片，大当家也死了。
怪兽退走后男主想到被蛰的人都恢复了记忆然后拿起鬼火兽掉落的针筒，对自己一阵猛插!（男人不狠，脚跟不稳!）
女主把另一罐血清给男主后男主也恢复了记忆，想起这是次测试并且自己和女主是实验者的一员。
次日男主和女主米诺在反对他们的盖里手下说服了几人便去了鬼火兽巢穴，经过激烈打斗并损失几人后终于逃出迷宫。打开门，来到了一个死一地人的研究室，视频上一个自称是此次行动负责人的女人恭喜他们通过测试，并介绍了测试的目的（说完就开枪自杀了）。原来他们这批新生儿都天生具有免疫能力，为了研究他们的大脑是如何抵抗这种病毒的，才设计了这个测试（但其实纽特没有免疫能力，所以原著第三部里才会感染死掉QAQ）
当众人刚刚要出门时，被蛰的盖里出现了（究竟是怎么到这的小编也很疑惑），手里有枪的盖里开枪射男主，但查克挡住了子弹，同一个瞬间米诺飞茅插死了盖里，盖里的眼睛一闭一睁不知是死是活但不动了，查克却死了。最后所有活下来的人都被士兵带上直升机并被告知安全了。
最后一个镜头切到视频中已经自杀的女人，原来这一切都是圈套，第二阶段马上开始………
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