1987年，在菲律宾的某山区里有座孤儿院。孩子们的生活无忧无虑，孤儿院定期会举行(九阶)魔方比赛，获胜者可以得到糖果奖励。阿Dee和奀仔两个孩子从小就表现出极高的智商、行动力和记忆力。每次比赛，往往都是他们俩争夺冠军。在输赢之间，二人结下了深厚的友谊。然而这段友情却在某一天戛然而止，二人上山放风筝时，突然遭遇到蒙面黑衣人劫持。为救阿Dee，奀仔被黑衣人推倒，右后腰被尖利的碎石扎伤。挣脱出来的阿Dee回头再想去救奀仔，却脚底打滑滚下了山坡。
时间来到了2019年，在香港闹市区，一辆轿车不顾街道上川流不息的人群，加大油门撞向行人。多名行人躲避不及，惨遭碾压。肇事车辆直到迎面撞上巴士车，才停了下来。警察赶到现场，喝令司机下车，肇事司机却用利刃割颈自杀，血溅当场。
警方证实，肇事司机为上市公司董事会主席缪国能。有消息指出，事发前曾有匿名人士与警方联络，发出预警。无独有偶，月初发生的大货车撞人事故同样有人预警。
姚可仪(姜珮瑶 饰)一边开车，一边听着收音机里的报导，心情沉重。她就是预先向警方通报消息的人，却两次都没能阻止悲剧发生。就在她思索着下一步对策时，留在缅甸的搭档Bill打来电话。Bill也看到了新闻，知道他们面对的是一个庞大、有组织的恐怖集团，不免心生怯意。正说着，车胎突然爆裂。姚可仪赶紧嘱咐Bill保护好档案，然后立即挂断电话，下车跳上公交车。可戴着口罩的杀手也上了车，手中拿着短刀，恶狠狠的盯着可仪。就在可仪不知所措时，身后传来一个声音安慰她:别怕，我是警察。
已经是香港警察刑事情报科总督察的程滔(张家辉 饰)挡下杀手刺来的短刀，在车厢里大打出手，众乘客慌忙躲避。待制服杀手，程滔踹开车门，用力将可仪推进了情报科警司叶志帆(吴镇宇 饰)前来接应的敞篷车内，随后自己也跳进了副驾驶座位。
情报科已掌握了姚可仪的真实身份，姚可仪公开的身份是独立记者，但实际上是名知名黑客。也是她预先向警方通知会有悲剧发生。程滔告诉可仪如果她不愿合作，警方也不会勉强。不过等可仪走后，警方就会向媒体通报可仪已离开警局的消息。这无异于在通知杀手，可仪无奈，只得说出事情的前因后果。
原来半个月前，她在调查人口贩运集团时，无意中黑进了一个国外大型数据库，下载到部分加密数据。破解之后，发现其中不仅有两起预谋制造恶性交通事故的详细计划，还有更多的视频及资料显示，外国有一地下集团长年绑架儿童并训练他们成为特工，然后大量渗透进了全世界的警队。
刚说到这儿，隔壁观察室大门就被人推开了，保安部警司井进贤(古天乐 饰)走了进来。井进贤和程滔一样，也曾是叶志帆的徒弟。但从情报科升任保安部警司后，就变得六亲不认，整天板着脸，见谁都像是敌人。井进贤要接手该案，从职责范围上来说，可仪涉及到两宗事故，的确归保安部管辖。但井进贤急于接管，以至于还没正式得到上级的许可就来要人，这让叶志帆产生些许怀疑。
如果可仪所言属实，就不得不考虑警队里有内鬼的问题。可除了井进贤的可疑之举，程滔同样免不了嫌疑。程滔有过六年的卧底经历，完成任务归队后，行事经常越界。如今是黑是白，无人知晓。
警务处处长召开联席会议详细了解情况，明确欲刺杀可仪的人受过专业军事训练，可能就是来自所说的神秘恐怖集团。而缪国能极有可能是被人握有把柄，才被迫先肇事后自杀。事后各公司股价大跌，怀疑是该恐怖集团想借此影响金融环境，从中渔利。另外，可仪存储资料的硬盘还在缅甸，井进贤提出与缅甸警方联系，取回硬盘。他的建议得到在座各部门长官的支持。
次日清早，井进贤先送女儿晴晴上学。回到警局就接到通知，一小时后动身去缅甸参与行动。目标是将姚可仪的硬盘拿回香港，为避免有内鬼，行动只有少数人参加。井进贤，程滔一起去缅甸，叶志帆则坐镇情报科，提供远程监察和无间断支援。
到了缅甸，井、程二人与缅甸特警队汇合，突袭姚可仪交代的公寓。没想到，行动中有警员误触发机关，引发爆炸，香港情报科随即失去了现场通讯信号。井进贤和程滔冲入被爆炸破坏的公寓，只见Bill重伤倒地，一名蒙面黑衣人拿着硬盘翻下阳台，沿着房顶逃窜。叶志帆好不容易修复通讯，方才得知井进贤和程滔正分头追击杀手。
程滔抄近路，抢先一步拿到硬盘。可更多蒙面人持枪杀来，井、程二人不得不在街头与蒙面人展开枪战。井进贤看到另一头出现敌人，来不及提醒，只得用力推开程滔，自己胸口防弹衣连中两枪。程滔有些意外，但已没有时间细想，扶起倒地的井进贤，边回击敌人，边找地方隐蔽。前来接应的直升机，悬停在后方，无法降落。程滔丢下隐藏在车后的井进贤，几个箭步奔向直升机，将硬盘抛给接应人员。就在所有人都以为他要跳上直升机逃生时，程滔却返身回去，支援被包围的井进贤。
蒙面人越来越多，子弹横飞。直升机引擎被流弹击中，冒出黑烟，叶志帆只好下令撤离。没有了退路的井进贤和程滔，此时此刻像是有了一种默契，在枪林弹雨中，坚持到缅甸警队的后援抵达。然而一枚榴弹来袭，巨大的冲击波将井进贤掀翻在地。他只觉得脑袋里嗡嗡作响，艰难的爬起身，拒绝缅甸警员的帮助，踉踉跄跄的寻找程滔，却无功而返。
硬盘在第一时间进行了读取，里面什么都没有。叶志帆大吃一惊，行动失败，信号又莫名中断，很可能是内鬼所为。缅甸警方清理了枪战现场后，仍未发现程滔的踪迹，嫌疑对象自然就转移到了至今失联的程滔身上。
井进贤没有呆在缅甸继续等待搜索结果，而是连夜返回香港。他一出机场，就要前往姚可仪所在的安全屋。对于上层怀疑程滔是内鬼的想法，他绝不相信，一个能回头营救同伴的人，绝不可能是黑警。但目前能提供更多线索的人，只有姚可仪。姚可仪得知Bill被杀，心情悲痛，不愿再合作。井进贤只能以妨碍公务罪，将其逮捕。
就在押送姚可仪前往警局的途中，车队遭遇袭击，井进贤和姚可仪被武装份子包围，其他护送警员被杀。这时，一辆SUV冲入包围圈，发射多枚闪光烟雾弹，一支更加专业的队伍硬生生从恐怖份子手中夺走了姚可仪和井进贤。
井进贤被电击枪击晕，醒来发现自己在一间小黑屋里，程滔就坐在面前。程滔现在是为钱做事，姚可仪和硬盘都在程滔手里，在人质和情报市场可以卖出大价钱。面对井进贤的斥责，程滔不慌不忙的拿出一段视频。视频上显示，袭击警方车队的枪手有意避开井进贤，只杀护送警员。至于原因，不言而喻。
井进贤难掩愤怒，飞扑向程滔。打斗中，程滔看到了井进贤后背的伤疤，确定眼前这个人正是当年被掳走的好兄弟奀仔。就在程滔分神之际，井进贤夺下手枪，朝着程滔的耳边就是两枪，发现手枪里竟是空包弹，原来看过硬盘资料的程滔只是在试探井进贤。结果就如之前预料的，井进贤是奀仔，也是混入香港警队的内鬼。在枪声惊动其他守卫之前，井进贤翻窗逃走，丢下独自发呆的程滔。
从小到大的血腥记忆，时刻折磨着井进贤。他想过自杀，但又不舍妻女，最终选择与妻女逃离组织，过普通人的生活。五年前，女儿晴晴出生没久，组织高层之一的董先生就找到了他，妻子被杀。为了女儿，井进贤只能答应继续为组织效力。两年前，他就知道程滔是当年的阿Dee，却不敢相认。因为只要是他关心的人，就会被组织利用，成为要挟的筹码。
而程滔也不仅仅是名情报科警员，他隶属于香港最新成立的打击恐怖份子神秘部队IFF，即隐形战线部队，直接受警务处长指挥。调包硬盘，劫持姚可仪都是处长的命令。得知实情后，姚可仪才说出所有事情的经过。
姚可仪对恐怖组织策划全球行动的细节、时间表，以及安插进警队的内鬼名单所知有限，当初在下载数据时被发现，便临时起意，用病毒锁死了对方的系统，使其不能再进行任何操作，而解锁的唯一方法就是她的虹膜，所以蒙面杀手才会不惜代价的要活捉她。
处长安排了周密的抓捕计划，但程滔还是希望能与井进贤坐下来聊聊。毕竟井进贤在缅甸替他挡了一枪，在小黑屋开枪时又有意避开不伤他，程滔相信，井进贤并非十恶不赦之徒，良知未泯。
深夜，两兄弟见面已物是人非。桌上放着一个九阶魔方，井进贤拿在手里，看似在随意摆弄着。程滔看在眼里，记在心里。因为身上有窃听器，井进贤不多说废话，直接要求程滔开个价码。程滔却不紧不慢的聊着过去，捕捉井进贤脸上的细微变化。
就在此时，叶志帆收到一条匿名消息，也赶了过来。坐在桌边的二人都是他教出来的学生，他不相信自己的学生会是令人不齿的内鬼和黑警。程滔暗自焦急，给叶志帆发消息的人必定居心叵测，急忙催促恩师离开。
果然，前后门都出现可疑人物，数名蒙面武装份子冲了进来。叶志帆不幸被组织派来的杀手Demon枪杀，也正是他把井、程二人见面的地点发给了叶志帆，以此挑拨兄弟之情，逼迫井进贤无法再回头。恩师的死让程滔和井进贤悲痛不已。
对方已提出在西班牙进行交易，一手交钱，一手交人。从程滔他们的车开出来，董先生就已通过监控掌握了他们的轨迹。但程滔没想过交出姚可仪，车开进一条隧道时，立刻停车与对面车道接应车辆互换了人员。
正值西班牙狂欢节，程滔穿过熙熙攘攘的人群，来到路边咖啡桌旁。井进贤就坐在桌旁，枪杀叶志帆的Demon也在一旁。因为叶志帆的死，程滔提高价码，除了钱，还要对方的命。但董先生早已从隧道监控看到了程滔换人的把戏，已派出人马杀到藏匿姚可仪的公寓。从实时传送的现场影像，姚可仪被抓。扫描了虹膜后，系统正在进行解锁。更让程滔想不到的是，董先生还在香港安排了几名炸弹人。只要程滔敢有异动，炸弹就会在下班高峰期间在随机地点引爆。
董先生正得意洋洋时即将修复成功的系统却又被另一个病毒秘密入侵，所有资料正被快速下载到IFF的服务器。原来，董先生看到的只是隧道内调换了两名白衣女子，真正的姚可仪一直就躲在程滔所驾驶商务车的后排。抓获姚可仪，扫描虹膜的视频也是事先录制，在董先生的人动手时，通讯信号就被拦截，传送提前拍摄好的画面，迷惑董先生。
局势瞬间反转，董先生恼羞成怒，下令杀了可仪，可仪躲在车里负责入侵服务器下载分析数据，车内的警员奋力保护。可仪冒着雨点般射来的子弹，定位到恐怖组织的总部是在香港，而不是西班牙。得到所有资料后，警务处长立刻通知香港反恐部队拦截炸弹人，并根据定位突袭恐怖组织总部。这是IFF的重大胜利，但姚可仪却为此付出了生命的代价。
另一边，井进贤和程滔联手对敌，原来当初在海鲜市场内井进贤用魔方拼出了一连串摩斯电码:WALL(墙壁)。程滔依照线索，在井进贤家的墙壁上找到了他留下的求救信息:救救我的孩子。于是立刻派人找寻解救了晴晴，此时的井进贤再也没有了后顾之忧，终于可以放心和兄弟并肩作战了。
两人一起跳上车，开上街道。前方是一群狂奔的公牛，后方是紧追不舍的Demon。两辆车在街道上你追我赶，终点是一条向下的山坡，两车煞车不及翻了下去。
井进贤被甩出车外，待爬起身后就见到前方一头公牛狂奔而来。程滔紧踩油门，用残破的车身挡住了牛头。井进贤安全了，但牛角扎穿车门，深深刺进了程滔的胸腔。引擎冒出大火，井进贤拼命拉开车门，救出了奄奄一息的兄弟，用力按住伤口。而阴魂不散的Demon偷袭，井进贤中枪倒地。兄弟二人拼尽最后的力气，合力抓住Demon的胳膊，推向再次冲过来的公牛，完成了兄弟之间最后一件事，为恩师报仇。
董先生在试图销毁系统时，被香港警方击毙。根据得到的资料，全球各地警方捣毁了多处绑架集团，解救了上百名儿童。执法部门也进行清理，清除被安插的内鬼，彻底粉碎了恐怖组织的阴谋。
此剧完！！！
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