公房自建房拆迁的区别是二者的拆迁后的补偿对象不同、补偿的费用不同，最重要的就是房屋的产权人不同。公房的补偿对象是拥有公房房屋产权的单位，而自建房则是直接补偿给私人;公房的居住人员只能得到搬迁补助费，而自建房的所有权人则有拆迁补助费。
一、公房自建房拆迁的区别是什么?补偿的对象不一样。私房因为房屋所有权是私人，所以补偿是给拥有所有权的私人。而公房除非当地有特殊政策，否则补偿是给公房产权单位。公房住户只能得到搬迁费、过渡费。
公房和私房拆迁补偿，所依据的法律、法规是一样的，关于补偿项目和补偿标准，没有区别。只是因为公房和私房的所有权人有不同，即公房的实际使用者并不是完全拥有房屋的所有权或者是只有使用权，而导致的补偿对象是有区别的。
私房的所有权是完整的，补偿对象即房屋的所有权人。公房的房屋所有权不完整，但是对于拥有使用权者，即实际住户，如何补偿，法律层面法律、法规层面没有明确的规定，一般是由各地省市具体制定的详细办法。
(一)拆迁住宅房屋补偿：
1、拆迁集体土地住宅房屋的拆迁补偿方式分为货币补偿、产权调换和农民自建三种方式。
2、拆迁国有土地住宅房屋的拆迁补偿方式分为货币补偿、产权房屋调换和面积标准房屋调换三种方式。
3、拆迁集体土地或国有土地住宅房屋，拆迁人还应当给予被拆迁人搬迁补助费、过渡期内的临时安置补助费。
(二)拆迁非住宅房屋补偿：
1、拆迁已领取营业执照用于生产经营的房屋由拆迁人给予货币补偿，该补偿包括房屋补偿、停产停业补偿以及设备安装调试等其他补偿。
2、公有房屋拆迁补偿公，房产权人不应有别于私房产权人。
3、公有房屋拆迁补偿遵循等价有偿的民事原则。
4、公有房屋拆迁补偿遵循意思自治、协商一致的民事原则。
1、有条件的，优先采取宅基地迁建安置，另补偿房屋重建成本价;
2、纯货币补偿，就是房屋重建成本价 宅基地地价;
3、房屋置换，相同地段按面积最低1：1
四、拆迁补偿不公平怎么办?《关于办理申请人民法院强制执行国有土地上房屋征收补偿决定案件若干问题的规定》中指出，拆迁补偿不公平不准强制执行。
征收补偿决定存在七种情形之一的，人民法院应当裁决不准予执行：
1、明显缺乏事实依据;
2、明显缺乏法律、法规依据;
3、明显不符合公平补偿原则，严重损害被执行人合法权益，或者使被执行人基本生活、生产经营条件没有保障;
4、明显违反行政目的，严重损害公共利益;
5、严重违反法定程序或者正当程序;
6、超越职权;
7、法律、法规、规章等规定的其他不宜强制执行的情形。
一般来说，无论是公房还是自建房，国家或者是政府对其进行拆迁的，就需要赔偿房屋的产权人或者是居住人相应的拆迁补助费或者是以房换房，对于拆迁了居住型房屋的，还需要补偿拆迁安置费、搬迁补助费等等，这是为了保证被拆迁户的合法权益不受侵害。
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