有碱基互补配对的话就存在氢键。比如mRNA是一条链，不存在氢键，而tRNA是三叶草样子，有的地方有自身的碱基互补配对，这个时候就有氢键。

氢键通常是物质在液态时形成的，但形成后有时也能继续存在于某些晶态甚至气态物质之中。例如在气态、液态和固态的HF中都有氢键存在。能够形成氢键的物质是很多的，如水、水合物、氨合物、无机酸和某些有机化合物。氢键的存在，影响到物质的某些性质。