影片一开始，是一段发生在过去的序幕，圣殿骑士长惩罚那些犯有巫术罪的村民，将他们杀死埋葬在一个大坑里，并命人在这个大坑上建造了一座教堂。镜头一晃，故事跳到了现代。这个教堂因为年代久远，很多人都会来这里参观。而男主埃瓦德的新工作，就是去这个教堂当一名图书管理员，但第一天上班他就迟到了，年老的主教对男主这样的行为感到非常不满。
男主在自己的办公室遇到了一个小女孩罗蒂，是会吏的女儿，这是教堂中神职级别比较低的一个职位。女主，最近忙着修缮教堂上的壁画，男主看到那副画，好奇的走了过去，在架子上的女主没发现，不小心碰倒了盒子，正好砸中男主，两个人就这样相识了。男主知识丰富，尤其是在历史方面，懂得很多。来教堂没多久，就把女主给撩到了
而女主在修缮教堂的这个过程中，意外发现地下室似乎是空的，偶尔还能听到一些奇怪的声音，这让她觉得很奇怪。更出乎她意料的是，在修复墙壁的时候，她发现了一张羊皮纸，她拿着羊皮纸去找男主，男主发现这张羊皮纸上面虽然烂了几个小洞，但整体还算保存的比较好，如果能破译出来的话，就能找到其中的秘密。
正准备和女主亲热的时候，男主看到桌上的圆形瓶子，突然福至心灵，想到了破译羊皮纸的办法，也终于搞清楚了羊皮纸上那串文字的意思，那就是在一个很隐蔽的地方，有一个特别的石头，石头上面有7只眼睛，只要找到这块石头，羊皮纸上的秘密就能被彻底解开。但是，却哪里找这块石头呢，男主一点线索都没有。
教堂里的其他人看起来也没什么特别的地方。那个小女孩，正处于青春叛逆期，常常晚上偷偷出去约会，但也常常因为回来的太晚被她爸爸发现，所以也常常挨骂，但这也正常的父亲对女儿的管教。而教堂里的那名黑人神父，看上去也和别的神父没什么不同，但其实他常常会有看到一些幻象，在幻象里的，就有影片开头时出现的那种圣骑士。看到这里的时候，小编隐隐觉得后续肯定会发生什么怪异的事情，而这名黑人神父，或许是某个圣骑士的转世？
一天夜里，男主睡不着，便在教堂里转悠，想找到关于7眼石的线索，转着转着，男主就去了教堂的地下室，气氛开始变得神秘诡异起来，在地下室，他先是看到了一些奇怪的图案，继续往前走下了楼梯后，又发现了一个被水 滴到的图案，这个图案嵌在大型十字架上，男主将剩下几个图案上的泥灰都洗掉，发现这就是羊皮纸上提到的有7只眼睛图案的怪异石头，那它到底藏着什么秘密呢。
男主抱着好奇心，用工具撬开了石块，想看看下面到底有什么，却没想到，十字架石块突然掉了下去，同时有一股不知道是什么的东西往上涌，男主的身体抖了一下，然后突然跪下去，从下面拿起了一个袋子，急急忙忙的解开了袋子，突然从里面伸出了很多手将他的脖子掐住了，男主昏了过去，等他再醒来的时候，发现除了自己的手受伤，和那个被被撬开的圆洞，其他的没什么变化，大型十字架依然在。
男主想离开这个地下室，却发现了小女孩想通过地下水道跑出去，而她的父亲那名会吏也紧随而至，还搞错了方向，往男主这边走来了，还发现了男主的存在，被男主一拳打倒在地。我们可以发现，这个时候的男主状态已经有点不正常了，或者说从他撬开7眼石的时候，就开始不正常了，而至于那个袋子，想必里面装着的就是那些被封印的怪物或者被杀害的村民的灵魂，而他被附身了。就算他重新盖上七眼石也没用。
被附身后的男主，逐渐有点神志不清了，他打电话给女主想去找她，但女主看到的却不是男主的样子，而是一个有着羊角的怪物，吓得她赶紧报警，但警察来的时候男主已经离开了，女主也没意识到那个怪物就是男主。而教堂这边，一切照旧，依然有人进进出出来参观，还有人来这里拍婚纱照。而女主来找男主的时候，发现男主变的有点不正常了，给了他一耳光。而此时的小女孩却还没发现男主已经变了，他还主动去找男主，但男主却想杀死她。当小女孩跑去找爸爸，告诉他这件事的时候，发现自己的爸爸也变的怪怪的，还从镜子里发现爸爸的脸变成了怪物的模样，小女孩慌忙逃走了。而教堂里的黑人神父隐隐察觉到了不对劲。
那名会吏跑去了地下室，用钻头死命的往地上钻，自己被钻头刺穿了，而其实他也是被控制了。教堂的机关被触发了，大门被关闭，在门口拍婚纱照的女人差点被夹死。整个教堂都被封闭了，在里面的人都出不去了。
黑人神父找到主教，说起了会吏死相惨烈的事，但主教似乎没有放在心上，或者已经预料到了。因为他知道这所教堂修建起来的原因。
而此时被困在教堂里的人，或多或少都产生了幻觉，有的人看到了奇怪的生物，有的看到男主变成了身上有翅膀的可怕的怪物，有的人还如同发疯一般去杀害他人。
察觉到异样的黑人神父，追着问主教，想搞清楚里面的缘由，主教告诉他，是地下的魔物被放出来了，想要消灭它们，只有将整个教堂毁灭，教堂里设有毁灭装置。在两人争执的过程中，主教不小心掉落，死了，唯一知道真相的人死了，黑人神父该怎么办呢？
而此时小女孩跑回来了，她知道一条能进入教堂内的秘密通道，黑人神父见到小女孩后，让她赶紧离开，而他自己则去找毁灭教堂的机关，将这些怪物和邪恶的灵魂重新封印起来。
他们在经过那条秘密通道的时候，发现了诡异的一幕，女主身上被画上奇怪的图腾，地上点满蜡烛，周围的人似乎都失去了自我意识，唱着古怪的歌谣。一只像羊一样的怪物，和女主进行着某种仪式，而只要成功了，怪物就会得到快速的发展，将会危害人类的安全。
幸好黑人神父在最后关头找到了教堂自我毁灭的机关，将这些魔物重新封印了起来，但黑人神父却牺牲了。
之后，教堂的遗址虽然还在，但里面却成了废墟，还被围了起来。
影片的最后是一个开放式的结局，小女孩回来拜祭自己的父亲，却意外发现了那块7眼石，突然起了阵阵阴风，那块7眼石被吹开，掉落在水中。女孩看着那个洞穴，露出了怪异的笑容。让人无限遐思。
影片导演是米歇尔·索伊，在意大利电影界，具有很高的地位，这部《教堂幽灵》可以看成是对意大利电影哥特式风格的回归。影片情节不错，有兴趣的朋友可以去看看。
