二十年代，冯友兰开始以西学方法从事哲学研究工作。1930年出版了《中国哲学史》上篇，三年后该书下篇出版。这两册《中国哲学史》，“对于‘哲学’方面，较为注重，其在‘史’之方面，则似有一点可值提及”。
冯友兰在书中，对比了标准的西洋哲学与中国学说的异同点，认为前者的内涵和外延都不足以包容后者。他由此认定“所谓中国哲学者，即中国之某种学问或某种学问之某部分之可以西洋所谓哲学名之者也”。
他之所以采用西洋标准，在于近代学问，起于西洋。使用西洋定义，便于同各种近代学问的沟通。
冯友兰在书中还谈了自己对中国哲学和中国历史的关系等问题的认识。
在冯友兰看来，哲学与历史是相互影响的。他认为每个时代都有自己的时代精神，而当时的哲学即为时代精神的结晶。研究中华民族的历史，而不明了各个时期的哲学成果，是达不到研究目的的。也正因为如此，中国哲学史在中国通史中占有相当重要的地位。
在《中国哲学史》上册中，冯友兰认为自孔子至淮南王刘安这一段，是中国哲学的“子学时代”。因为这一时期诸子学说竞起争鸣，具有“诸子并起”、“百家争鸣”的特点。
在该册书中，冯友兰以孔学为“子学时代”的开端。因为他觉着“就其门人所纪录者观之，孔子实有有系统的思想。由斯而言，则在中国哲学史中，孔子实占开山之地位。后世尊为惟一师表，虽不对而亦非无由。以此之故，此哲学史自孔子讲起，盖在孔子以前，无有系统的思想，可以称为哲学也”。
他以淮南王刘安所在的西汉初年，为“子学时代”的终结期。并举出两个理由：一是刘安的宾客写了《淮南鸿烈》一书，冯友兰认为该书虽杂取各家之言，不定中心思想，但其中的宇宙论部分较为完整翔实，这是中国哲学有完整的宇宙论之始。
二则这以后不久，汉武帝依董仲舒之言，开始“罢黜百家，独尊儒术”。诸子学说由此而衰，有些甚至湮没无闻。中国哲学自此转入“经学时代”，直至康有为才终结。
但在《中国哲学史》下册中，冯友兰却对上册中的一些说法作了改动。
他转而认为“经学时代”至廖平终结了。冯友兰对这一问题认识的转变，往往被人们所忽视，以至于有人仍引用冯原来的观点，以“经学时代”至康有为终结。
其实，在《中国哲学史》下册中，冯友兰详细地讲了自己转变看法的原因：一则，廖平讲今文经学较康有为早，康有为曾受其影响。二则，在清代今文经学三个代表人物中（康有为、谭嗣同、廖平），廖平最后死。“廖平之学，实为经学最后之壁垒，就时间言，就其学之内容言，皆可以结经学时代之局者也。”冯友兰还对廖平之学作了阐述，认为该学的主要内容为经学六变。第一变为“今古”。主张今古文经学同出于孔子，只不过古文经学宗孔子初年之说，今文经学宗孔子晚年之说。今古二派，“如水火阴阳”，相妨而又相济。第二变为“尊今抑古”，认为今天人们所说的古文经学已非先秦之古文经学，乃是刘歆及后人所伪造。此说与康有为同。第三变讲“小大”之学，宣称今古经学之分，亦小大之分，即孔子治中国之制与治世界之制之分。孔子的经学，是全球的制度法律，在全世界拥有至高无上的地位，“孔子乃得为全球之神圣，六艺乃得为宇宙之公言”。第四变讲“天人”，认为将来世界进化，归于众生皆佛，而佛出于道，道出于孔。孔经所包，极为广博。经学第五变，把六经分为人学三经，天学三经。前者为《礼》、《春秋》、《尚书》；后者为《乐》、《诗》、《易》。其经学第六变，“未见刊本”，无法确知其详。
冯友兰认为廖平之说“若以历史或哲学视之，则可谓无价值之可言。但廖平之学，实为中国哲学史中经学时代之结束。自此方面观之，则廖平在哲学史中之地位，亦有相当重要”。
“经学时代”之后，为中国哲学史中之新时代。此新时代，在冯友兰看来，已在“经学时代”未完全结束前开始。只因为新的哲学体系尚在创造之中，还未真正形成，这样“写的中国哲学史，亦只可暂以经学时代之结束终焉”。
《中国哲学史》在“辨伪”的基础上，大量占有古籍材料，采用西方体例，并用发展的观点，系统论述了中国哲学流派的来龙去脉、思想主张、学说体系，方法简明也较为科学。而且，冯“没有以一种哲学的成见来写中国哲学史”，这样就较好地保持了古人思想的原貌。这部书出版不久就获得行家较高的评价，被誉为“取材谨严，持论精确”。
在写作《中国哲学史》的过程中，冯友兰充分熟悉了中国哲学史料，对各家学说都有了较深入的了解，对于道学和宋明儒学体会尤深，在写作该书下册时，他已经尝试着用自己的新实在论哲学观点来论述解释宋明儒学了。这些，都为他四十年代创造出自己的新理学体系，做了较为充分的准备。《中国哲学史》是冯友兰学术生涯中取得的第二大成就。该书自1937年被DerkBodde译成英文在美国出版发行后，立即风行海外，并被译成法、德、意大利、日、阿拉伯等多种文字，至今仍在被多国大学引用，并一版再版，仍被各国视为中国哲学史方面的权威、经典之作。
建国以后，冯友兰在心态上把爱民族、爱国同拥护新社会、拥护共产党等同起来，较为主动地进行自我批判。他写了《“新理学”底自我检讨》、《从“新理学”底自我检讨说到新旧哲学底区别》、《新理学原形》、《关于中国资产阶级哲学的问题——答谢关锋同志》等文章，对自己的哲学体系、哲学思想不断进行否定。“文革”初期，他还是惨遭批斗。“批林批孔”运动掀起后，冯友兰为了避祸，就主动写了《对于孔子的批判和对于我过去的尊孔思想的自我批判》、《复古与反复古是两条路线的斗争》等文章，后来又写了《论孔丘》一书，大批儒学。总之在哲学上再无新的建树。
他也较为努力地学习马克思主义哲学，并以之为准则提出了一些对他自己而言较新的观点：哲学“是关于自然知识和社会知识的概括和总结”，“是一个社会的上层建筑，为它的基础服务。它也是为阶级社会中的一定阶级服务，是一定阶级的要求和愿望的反映，是阶级斗争在思想战线的工具”。
哲学史“就是哲学发展的历史它本身也是一个时代的社会的上层建筑。它也是有阶级性和党性的，它也是为巩固它的经济基础而服务”。哲学的发展是和生产斗争、阶级斗争的发展紧密联系的，中国哲学史就是一部唯物主义和唯心主义斗争的历史。
除了提出上述哲学新观点外，冯友兰此期的主要学术活动是修订自己的《中国哲学史》，写作《中国哲学史新编》，但进展甚慢。他在《三松堂自序》中回顾说：“这样拖延，固然一方面是由于非我所能控制的原因，可是我必须说明，也是由于在许多论点上我还在踌躇，没有作出最后的决定。”没有决定的原因在于他思想上的矛盾。一方面，作为一个大哲学家，即使在那段非常时期他仍保留了一些哲学上的独特创见，“抽象继承法”就是其中之一。该理论主张对哲学遗产进行“抽象继承”，即不仅注意一个哲学命题的具体意义，还要注意它的抽象意义，“只有这样作，才可以看出哲学中可以继承的思想还是很不少的如果过重于在具体意义方面看，那么可继承的东西就很少了。必须两方面都加以适当的注意，适当的照顾。这样，我们就可以对古代哲学思想有全面的了解”。这一理论提出后引起了广泛的争论，以后则遭到了陈伯达、关锋的批判。
冯友兰在《三松堂自序》中再次提到“抽象继承法”时说：“其实严格地说，一个哲学命题不能有具体意义，它应该排斥具体意义。我原来所说的具体意义，实际上是一个哲学命题在实际情况中的应用，或是人们对于它的不同了解，这是一个哲学命题所要排斥的。我原来的提法的这些不妥之处，也是引起当时辩论的一个原因。”另一方面，建国后冯友兰急于转变成一个新人，这使他匆匆忙忙地改变了很多过去的观点，说了一些人云亦云的话，其中有些他自己就没有完全信服。这样就造成了思想上的矛盾，导致他写作《中国哲学史新编》时困难重重。
“文化大革命”结束后，冯友兰深刻地反省了自己，开始从政治向学术回归，修订、出版了七册本的《中国哲学史新编》，并在其中对自己的一些哲学观点进行了再修正。
哲学“是人类精神的反思。它的方法是理论思维。它的作用是锻炼、发展人的理论思维，丰富、发展人的精神境界”。
哲学史是哲学发展的历史，而哲学的发展总要围绕一些真正的哲学问题，哲学史必须说明这些问题，这个定义就否定了哲学史就是唯物主义唯心主义斗争史之论。写哲学史，则“要抓时代思潮，要抓思潮的主题，要说明这个主题是一个什么样的哲学问题”。
中国哲学史的分期也有了新变化，共分古代、中古、近代、现代四期。
“阶级斗争和民族斗争贯穿在各个时代之中。这是它们的共性，各时代都有它们的特殊的精神面貌，这是它们的特殊性。”这四个时期按其主要精神面貌的不同又可分为七段。按此七段，冯友兰把他的《中国哲学史》分为七册来写，按七个主题讲述中国哲学。以上，是我们对冯友兰哲学生涯的大致介绍。
寻找中西文化间人类思想的共通性，追寻不受时间、空间、国别民族限制的普遍真理，为中国这个“旧邦”谋“新命”，是冯友兰给自己确定的哲学使命。这一使命的具体内容是：一方面谋求解释中国向现代社会转型时，传统文化与现代化之间的冲突；另一方面努力挖掘传统文化中有价值的部分，使传统文化能在日趋现代化的中国获得新的生命，人文精神得以重建。冯友兰经常引用《诗经》中“周虽旧邦，其命维新”一语来明志，说明自己的志向在于使古老的中国，在现代世界中重获新生。
他的哲学活动，都在围绕“旧邦新命”的主题而进行。他早年好学深思，孜孜求知，是西方新实在主义“共相”理论的崇信者。旋即在中国宋明理学中发现了相似的“共相”学说，认识到人类的思维具有一种共同性，东西方文化具有很大的共通性。中年他完成了从西方哲学向中国传统儒学的转变回归，创造了一种由宋儒理学而来又不同于前者的新理学体系，达到了一生事业的顶峰。
晚年他忏悔彷徨，终成悲剧，但在生命的最后一刻仍执著于“旧邦新命”的使命，努力向真正的哲学回归，表现出顽强而可贵的一代哲学宗师的品格。
