“正本清源”意思是从根本上整顿，从源头上清理。《汉书·刑法志》：“岂宜惟思所以清原正本之论，删定律令”。《晋书·武帝纪》：“思与天下式明王度，正本清源”。正本在明一。《汉书·董仲舒传》：“元者辞之所谓大也，谓一为元（当为原）者，视大始而欲正本也”。乾为大，为阳。反手下跌不可猜底，如解卦“其来复吉，乃得中也”，所以“正本”是“正而有本”。
《说文·木部》：本，木下曰本。从木，一在其下，草木之根柢也。雷水解或风水涣为“本”字卦相。《说文》末，木上曰末。从木，一在其上，谓木杪也。所以常说“本末倒置”。《后汉书·象上传》志末也。《说文》木，冒也。冒地而生。东方之行，从草，下象其根。《周易·系辞下》“其初难知，其上易知，本未也。初辞拟之，卒成之终。卒成之终谓末”。
《礼记·檀弓》原壤登木。注：“木，棺材也”。地风升登，以巽为木。《易·说卦传》巽为木。疏：木可以揉曲直，即順之謂谓也。《春秋繁露》木者，春生之性。《庄子·马蹄》农之本也。我善治木，曲者中钩，直者应绳。《礼记·月令》某日立春，盛德在木。疏：春则为生，天之生育，盛德在於木位。《白虎通》五行，木之为言触也。阳气动跃，触地而出也。震和巽阴阳错，五行都属木。涣卦九二之“谋亡（艮为亡）”，九五象曰：“王居无咎，正位也”。从涣卦爻辞看，以涣卦为“本”字卦相为宜。
《左传·昭公元年》木水之有本原。《广韵》本，旧也，下也。坎一，坎为水，坎为下。《玉篇》本，始也。《礼记·礼器》反本修古，不忘其初。古文“本”字从木象形也，根多窍似口，故从三口。《吕氏春秋·士容论·辩士》：“是以亩广以平，则不丧本”。汉·高诱·注：本，根也。艮卦《帛书易经》称根。
《礼记·大学》物有本末，事有始终。《帛书老子》第24章：“夫皆得其欲，则大者宜为下”，乾为大，离上坎下。所以《易经·乾文言》“本乎天者亲下，本乎地者亲上”。“本乎天者亲下”是如“天得一以清”，所以要讼争。
涣卦象曰：“先王以享于帝，立庙”。《说卦传》“帝出乎震”，震生。所以《论语·学而》说：“君子务本，本立而道生”。
