原生生物界—不等鞭毛门
不等鞭毛门，是真核生物的主要演化支之一，已知的下辖物种超过10万个物种[8]，当中大多数属于藻类，从多细胞的大型藻类海带，到单细胞的各种浮游硅藻，这些藻类拥有多重内共生形成的多层膜叶绿体。其他值得注意的成员还有寄生性的卵菌纲，是不少植物性瘟疫的元凶，如爱尔兰马铃薯饥荒及近日的栎树猝死病（英语：Phytophthora_ramorum），都是由卵菌纲生物引起的。
不等鞭毛这一名称指的是在其生命周期的能动阶段，鞭毛虫细胞具有两种不同形状的鞭毛。
不等鞭毛类的色素体有四层膜结构。通常认为它们是由红藻进化而来。
有色类（ Ochrophyta）（光合生物）
Phaeista
Hypogyristea
Actihrysophyceae (axodines)
Pelagophyceae
Chrysista
金藻纲（Chrysophyceae）
大眼藻纲(Eustigmatophyceae)
褐藻纲（Phaeophyceae）
Phaeothamniophyceae
绿胞藻纲(Raphidophyte或Chloromonadophyceae)
Synurophyceae
黄藻纲（Xanthophyceae）
Khakista
硅藻纲（Bacillariophyceae）
Bolidophyceae
无色类（类真菌生物）
伪真菌总门(pseudofungi)
卵菌纲(Oomycetes)
丝壶菌纲(Hyphochytridiomycetes)
双环总门(Bigyra)
Bicosoecea
Labyrinthulomycetes (slime nets)
Opalinea
Proteromonadea
芽囊原虫纲（Blastocystis）
金藻（学名：Chrysophyta），群体生活，约有1500种，外观呈金黄褐色，光合色素包含叶绿素a、C、胡萝卜素、叶黄素、褐藻素，以昆布多糖（Laminarin，一种β1-3葡萄糖聚合物）为主要碳水化合物贮存形式，鞭毛为顶生，有1或2根鞭毛。细胞壁为含硅质的胶质复合物，大多生活于淡水。当环境变化或恶劣时，会产生囊胞来渡过该时期。在前寒武纪岩层中有发现。仅有金藻纲（Chrysophyceae）一个纲。
共有下列几个目
金胞藻目（Chrysomonadales）
根金藻目（Rhizochrysidales）
金囊藻目（Chrysocapsales）
金球藻目（Chrysosphaerales）
金枝藻目（Phaeothamniales）
（1）金胞藻目金胞藻目（学名：Chrysomonadales）为藻类植物之一种。该植物于植物分类表上，归于金藻门 (Chrysophyta)金藻纲 (Chrysophyceae)，植物体为单细胞或群体，具鞭毛，能运动。细胞裸露或外具硅质、钙质的鳞片或囊壳。同纲者尚有根金藻目（Rhizochrysidales）。
主要属：
单鞭金藻属（Chromulina）
锥囊藻属（Dinobryor）
硅鞭金藻属（Distephanus）
钙板金藻属（Gephyrocapsa）
等鞭金藻属（Isochrysis）
鱼鳞藻属（Mallomonas）
棕鞭藻属（Ochromonas）
三毛金藻属（Prymnesium）
黄群藻属（Synura）
3.褐藻纲褐藻（学名：Phaeophyceae）是属较高等的多细胞藻类，属真核细胞生物，有1,500种左右，主要分布于大陆附近的水域，则淡水种罕见。褐藻纲外表从暗褐色的橄榄绿都有，其取决于褐藻素与叶绿素的比例。至于它们的大小各异，从只有数公分的水云属到1∼100米的巨藻属，昆布即为常见的褐藻。褐藻门则同时可以无性生殖和有性生殖繁殖。
分类∶
水云目 Ectocarpales
墨角藻目 Fucales
海带目 Laminariales
（1）水云目水云目（学名：Ectocarpales），也称为外子藻目，为褐藻门褐藻纲的一目藻类。主要附生在中潮带和低潮带马尾藻等大型海藻上，少数种类如短节水云和褐壳藻等主要生长在潮间带的岩石上。
下属科：
不动孢藻科 Acinetosporaceae Hamel ex J. Feldmann, 1937
Adenocystaceae F. Rousseau, B. de Reviers, M.-C. Leclerc, A. Asensi & R. Delépine
萦藻科 Chordariaceae Greville, 1830
Chordariopsidaceae Kylin, 1940
外子藻科 Ectocarpaceae C. Agardh, 1828
Mesosporaceae J. Tanaka & Chihara, 1982
多丝藻科 Myrionemataceae Nägeli, 1847
Petrospongiaceae
Pilayellaceae
Pylaiellaceae
萱藻科 Scytosiphonaceae Farlow, 1881
Sorocarpaceae
（2）墨角藻目墨角藻目（学名：Fucales；其物种泛称为“fucoids”）是褐藻纲（Phaeophyceae）之下的一个目级分类单元，下领九个科。本目包括多个栖息于潮间带的大型藻类（法语：macroalgue），大部分通过固定在坚硬的基质上而生长，例如：墨角藻（法语：Fucus）、马尾藻等。作为褐藻纲的成员，墨角藻目如同其他褐藻纲物种同属不等鞭毛类生物的淡色藻门。褐藻纲的学名Phaeophyceae由古希腊语的phaios（褐色）、phyton（植物）及纲级的后缀-ceae组成。这个纲包括有不少海洋里的巨型植物，但也包括一些体型较细少及构造精细的植物。
自1990年代以来，大众对本目物种在欧洲的数量普遍下降而担忧。这种下降意味着在欧盟的《水框架指令手册（法语：Directive cadre sur l'eau）》（DCE）的应用中需要特别关注。
墨角藻目包括一些较常见的海藻沿海（英语：littoral）海藻。本目成员均具有典型的海藻构造，即其植株可分为：节点（英语：holdfast）（holdfast）、叶柄 (藻类)（英语：Stipe (botany)）（stipe）及叶片（英语：lamina (algae)）（lamina）三部分。叶片通常都是多分支，不少还有一些注满气体的囊泡。通过顶端细胞的分裂来生长。一般藻类不产生种子，但作为不等鞭毛类生物的墨角藻目物种，本目可透过卵生的，即体型较小的雄性配子和体型较大的雌性配子的融合来繁殖。
墨角藻目下领九个科，分别如下：
Bifurcariopsidaceae
Durvillaeaceae（英语：Durvillaeaceae）
墨角藻科（英语：Fucaceae） Fucaceae（英语：Fucaceae）
Himanthaliaceae（英语：Himanthaliaceae）
Hormosiraceae（英语：Hormosiraceae）
Notheiaceae（英语：Notheiaceae）
马尾藻科（英语：Sargassaceae） Sargassaceae（英语：Sargassaceae）
Seirococcaceae（英语：Seirococcaceae）
Xiphophoraceae
海带目是褐藻纲之下一个目级的海藻分类单元，现时包括有约30个属[来源请求]。这些海带生长于浅海海洋底下的海藻林：一种类似于陆地上森林的海洋植物群落，估计从中新世（即500到2300万年前）就已出现。
本目包括下列各科：
厚岸藻科（Akkesiphycaceae）
翅藻科（Alariaceae（英语：Alariaceae））
绳藻科（Chordaceae）
多肋藻科（Costariaceae（英语：Costariaceae））
海带科（Laminariaceae（英语：Laminariaceae））
巨藻科（Lessoniaceae）
拟绳藻科（Pseudochordaceae（英语：Pseudochordaceae））
①生长和繁殖生长在分生组织基部发生。
②海藻林海带目聚集的地方会发展成被称为“海藻林”的海底森林，为最富有丰富生产力与多样性的地球生态系统。较小片的海藻林又被称为海藻床。在挪威海岸，有接近5800 km2的海岸就长满了海藻林，还为大量动物提及栖息地。
海藻林分布于温带到极地地区的沿岸海域。在2007年，于厄瓜多尔附近的热带海域也发现有海藻林分布。和热带的珊瑚礁一样，海藻林为许多生物提供生活环境，包括软体动物、甲壳动物、棘皮动物、鱼类及海洋哺乳动物等；同时也为人类提供生产力丰富的渔场。
③海藻海藻林的主要由不等鞭毛类海带目的巨型海藻构成，最常见者为大浮藻属（英语：Macrocystis），其他成员也包括海带属、捣布属（英语：Ecklonia）、巨藻属（英语：Lessonia）、大裙带菜属（英语：Alaria）、黑菜属（英语：Eisenia）[9]。
许多生物，包括鱼类，利用海藻林作为栖息地以及食物来源。例如：平鲉科、端足类、虾、海螺、多毛纲、阳遂足等；也包括一些海生哺乳动物与鸟类，例如：海獭、鸥、燕鸥、雪鹭、大蓝鹭与鸬鹚等。
海藻属于原生生物而非植物，由叶状体组成，不具有叶片、根系和茎，但具有功能类似的结构：
固着器（英语：holdfast）是类似根系的构造，将整株海藻固着于海床上，但不具有吸收营养的功能。
柄（英语：Stipe_(botany)）是类似茎的构造，负责连结海藻的各种结构。
藻体（英语：fronds）是类似植物叶片的构造，负责吸收营养以及行光合作用。
此外，许多海藻的藻体与柄之间具有浮球组织（英语：Pneumatocyst），可以提供浮力，帮助它们在水流中维持直立。
海藻生存的条件包括坚实的海床沉积（岩石或沙）、大量的营养盐（氮或磷）与充足的光线（每年最低辐照度 > 50 E m−2）。海藻林多半仰赖上升流带来较低温且富含营养物质的海水滋养。在理想情况下，大浮藻属一天可成长 30–60 公分。腔囊藻属（英语：Nereocystis）为一年生，黑菜属则为多年生，寿命可超过 20年。
4.黄藻纲黄藻（Xanthophyceae）是一类属于不等鞭毛类的藻类生物。体类型为单细胞、群体、多核管状或丝状体。细胞壁含多量果胶质。运动的个体和动孢子具有2条不等长鞭毛，极少数具有1条鞭毛。色素体中含有叶绿素a、叶绿素c、β-胡萝卜素及叶黄素。色素体常呈黄绿色，1个或多个，盘状、片状。少数为带状或杯状，多数种类为单核。同化产物为油滴、金藻昆布糖及脂肪。约有75属370多种。
繁殖多为无性的，产生动孢子、不动孢子或静孢子，静孢子有时形成孢囊，内生、易于硅化。多数种类喜钙，尤喜生活于半流动的、清洁水体中，蛇胞藻属为淡水普生性的，也生活在污水中。大部分种类可作鱼的饵料。
分类：
异鞭藻目（Heterochloridales）
根黄藻目（Rhizochloridales）
异囊藻目（Heteroglocales）
柄球藻目（Mischococcales）
异丝藻目（Heterotrichales）
气球藻目（Botrydiales）
卵菌纲（学名：Oomycetes），俗称水霉 (water mold)，是一种与真菌很相似的真核微生物，不具叶绿素，不进行光合作用，需将养分在体外分解后，再进行吸收。但根据亲缘关系学，两者的来源并不相同。本物种的生物呈丝状、微细且会吸水，能够进行有性繁殖和无性繁殖。卵菌纲有腐生和寄生两类生活方式，均为嗜水的寄生性，是不少植物性瘟疫的元凶，如造成爱尔兰马铃薯饥荒的马铃薯晚疫病(Phytophthora infestans)及橡树猝死病(Phytophthora ramorum)，都是由卵菌纲生物引起的。
卵菌纲生物的菌丝在孢子囊的底部，之间很少有间隔，即使有也很罕见，有些是单细胞，但其他的有丝状分支。
卵菌纲生物大致上可以分为以下六个目：
链壶菌目（Lagenidiales）是最原始的分支，部分有丝状分支，但其他则是单细胞；一般都是寄生。
水节霉目（Leptomitales）有加厚的外壁，使连续的细胞体有中隔的外观。含有几丁质，并经常进行无性繁殖。
Rhipidiales使用假根去使叶状体固定在停滞或污染水体的底部。
水霉目（Saprolegniales）的分布最广泛，多数物种靠分解腐物为生；其他则为寄生。
霜霉目（Peronosporales）也主要是腐生或寄生在植物上，有一个aseptate，分支形式。许多最具破坏性的农业寄生虫属于这个顺序。
白锈菌目（Albuginales）被一些作者认为是霜霉目之内的一个科，称为白锈菌科（Albuginaceae），尽管它本身与本目在系统发生学来看关系不大。
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