公元397年九月，正当西平王秃发乌孤派他弟弟秃发利鹿孤去救后凉叛将郭黁的同时，后秦太后虵氏去世。后秦王姚兴非常伤心，为太后的举哀超过了礼数的要求，基本不亲理朝政。大臣们请求依照汉魏对待太后丧事的惯例，尽快安葬尽快吉利。尚书郎李嵩上疏说：“古代三王的制度不同，远古五帝的礼仪也不一样。以孝治天下，是历代帝王很看重的大事。应当遵照圣上的生性以弘扬王道的训导。在安葬之后，陛下应当身穿素服临朝，作为天下人的表率。这才是仁孝的举止。”尹纬驳道：“帝王的丧礼制度，历来都是以汉魏的先例为准。李嵩矫情做作，超越常礼。请交付有司部门，以专擅谬论论罪。安葬之后即为吉利，臣请求依照大臣们先前的议论。”姚兴说：“李嵩是位忠臣孝子，有什么罪过！尹仆射遗弃历代帝王的法典，而想遵照汉魏那时不过是权宜的制度。这哪里对得起朕对朝廷贤相的期望！一切按照李嵩的建议行事。”
鲜卑酋长薛勃再次在秦岭北面反叛。上郡和贰川的混杂少数民族纷纷响应，于是将安远将军姚详包围在金城。姚兴派姚崇和尹纬讨伐他们。薛勃从三交直趋金城，姚崇列营和他对阵。然而粮草的运输跟不上，所以三军大闹饥荒。尹纬跟姚兴说：“辅国将军弥姐高地和建节将军杜成等人都是各部落的领袖，位列三品。他们督运粮草，却造成稽留延误，导致三军断粮。陛下应当明确刑法，严惩不贷。”于是姚兴杀了这二将。各个部落大为震动，交纳税粮的一下子多达五十余万人。姚兴接着率领步骑二万亲自出征。薛勃大为惊惧，便抛弃了他的部众去投奔高平公没弈干。没弈干绑了他送交姚兴。
当时尹纬的朋友陇西人牛寿率领汉中的流民归附姚兴，跟尹纬说：“足下平时自以为：‘遇到清明的时代，才足以建立功勋成就大事。要遇到消停的季节，我则追寻二疏（汉宣帝时名臣疏广和疏受。他们急流勇退，即时退隐）和朱云（汉元帝臣子，以狂直著名），发他那样的狂直。总不能像胡广（东汉名臣，以圆滑著名，六朝元老）之流那样见风使舵。’足下如今遇到清明时代了，正是垂名青史的时候，可不应该努力吗！”尹纬说：“我或许正像你说的那样。但我不能将政事委托给像夷吾那样的宰辅，也没能从军旅中找到像韩信那样的军事天才，所以为此愧疚不已。至于说建立功勋成就大事，我私下认为并未辜负自己说过的话。”姚兴听说后跟尹纬说：“使君和牛寿说的那些话，太荒诞了！建立功勋成就大事，使君自己认为跟古人相比如何？”尹纬说：“臣实在并不愧对古人。为什么这么说呢？臣遇上时来运转的机会，得以辅佐太祖（姚苌），建立八百里的基业。到陛下刚即位时，臣又出兵翦灭了苻登，荡清了秦雍二州。臣在世时位极人臣，去世后也将作为功臣进入太庙。古代的君子，也不过如此而已。”姚兴觉得他讲的很有道理，非常高兴。比及尹纬去世时，姚兴对他十分悼念，追赠他为司徙，谥为忠成侯，这是后话。
后秦泫氏男爵姚买得阴谋趁姚兴安葬母亲虵氏时弑杀姚兴。遇上有人告密，但姚兴不信。姚兴派李嵩假装对姚兴不满，前往姚买得那里要求入伙。姚买得便将弑杀姚兴的阴谋全盘告诉了李嵩。李嵩回来后，据实告诉了姚兴。姚兴于是赐姚买得死，并诛杀了他的党羽。
姚兴下诏书禁止百姓织造锦绣以及不合礼制的祭祀。
这月，姚兴入侵东晋的湖城，弘农太守陶仲山和华山太守董迈都投降了他。姚兴于是进至陕城，进攻并占领了商洛。姚兴接着派姚崇入侵洛阳。东晋河南太守夏侯宗之坚守金墉，姚崇无法攻克，便转而攻陷柏谷，将流民西河人严彦以及河东人裴岐和韩袭等二万多户人家迁徙到关内。
姚兴下诏书，命令士卒战亡所在的地方官吏将他们的尸体妥善掩埋，并派人寻找他们的近亲作为他们的后代得到朝廷的抚恤。
武都的氐人屠飞和啖铁等人杀了陇东太守姚回，抢了三千多家人，然后占据方山反叛后秦。姚兴派姚绍等人前往讨伐，很快就镇压了反叛，杀了屠飞和啖铁。姚兴还派狄伯支到汉中接回流民曹会和牛寿等一万多户人家。
姚兴勤于政事并广开言路。臣下往往仅因为一句可取的建言，就得到特别的礼遇。京兆人杜瑾、冯翊人吉默、始平人周宝等人都因为对时事提出良好的建议而得到明显的提拔。天水人姜龛、东平人淳于岐、冯翊人郭高等人都是有德望的资深儒家学者。他们对经史非常熟悉，自己还修身养性，所以各有门徒好几百。他们在长安执教，从远方慕名前来的学生成千上万。姚兴总在听政之暇，将姜龛等人请到东堂，让他们讲论道艺，从错综复杂的事物中理出头绪。凉州人胡辩在苻坚末年时往东迁徙到洛阳。他在那里讲授，有弟子一千多人，很多关中的后生都到他那里求学。姚兴敕令关卡的卫尉们说：“这些学生谘访道艺，修身养性。千万不要用平常的规定限制他们的出入往来。”于是学者们都互相鼓励，因此儒风盛行。给事黄门侍郎古成诜、中书侍郎王尚、尚书郎马岱等人因为能写一手好文章而参与朝政机密。古成诜刚介雅正，风韵秀举。他坚守志操，不同流俗，总是以天下的是非为己任。京兆人韦高仰慕阮籍的为人，在为母亲服丧期间，弹琴饮酒，肆无忌惮。古成诜听说后哭着说：“我要亲手用刀刃杀了他以崇尚风教。”于是手持宝剑寻找韦高，要杀了他。韦高吓得要命，只好躲了起来，终身不敢再见到古成诜。
这期间，后秦长水校尉姚珍投奔西秦，西秦王乞伏乾归将女儿嫁给他。
翌年即公元398年春正月，西秦王乞伏乾归派弟弟乞伏益州攻打并很快就占领了后凉的支阳、鹯武、允吾三城，掠虏了一万多人后离去。
二月，西平公杨轨任命他的司马郭纬为西平相负责留守，自己率领二万骑兵北上去帮助郭黁。秃发乌孤也派他弟弟车骑将军秃发傉檀率领一万骑兵去帮助杨轨。杨轨来到姑臧，驻扎在城北。
五月，后凉太原公吕纂带兵出击杨轨，郭黁率军前来相救。吕纂战败后退走。
同时，建康公段业派沮渠蒙逊进攻西郡，生擒了西郡太守吕纯后回来。吕纯是吕光弟弟的儿子。于是后凉晋昌太守王德和敦煌太守赵郡人孟敏都在自己的郡里投降了段业。段业封沮渠蒙逊为临池侯，任命王德为酒泉太守，孟敏为沙州刺史。
六月，杨轨仗着自己人多，想和后凉王吕光决战，郭黁总是用天象不对的理由劝止他。后凉常山公吕弘镇守张掖，段业派沮渠男成和王德去攻打他。吕光则派太原公吕纂带兵去把吕弘从张掖接回来。杨轨说：“吕弘有精兵一万，他如果和吕光合兵一处，那么姑臧守军会更加强大，那时就无法攻下来了。”于是和秃发利鹿孤共同出击吕纂。吕纂和他们大战，把他们打得落花流水。杨轨跑去投奔田胡部落的王乞基。郭黁秉性偏执急躁，而且残忍，士大夫和民众都不肯依附他。他听说杨轨败走，只好投降了西秦。西秦王乞伏乾归任命他为建忠将军、散骑常侍。
吕弘带兵放弃了张掖，往东撤走。段业于是占领了张掖，并把自己的总部迁徙到那里。他打算追击吕弘，沮渠蒙逊谏道：“归师勿遏，穷寇勿追，这是兵家的警戒。”但段业不听，结果大败而还，幸亏沮渠蒙逊率军殿后，使他免于一死。段业准备修筑了一座西安城，派部将臧莫孩为太守。沮渠蒙逊劝道：“臧莫孩勇而无谋，知进不知退。明公这样做，是去修筑坟墓，而不是修筑城池！”段业也不听从，结果臧莫孩不久就被吕纂打败。
九月，杨轨驻扎在廉川，收集了汉人夷人一万多部众。王乞基跟杨轨说：“秃发氏不但很有才干，而且兵强马壮，还是我原来的主人。我看不如归降他们。”杨轨于是派使者向西平王秃发乌孤请降。杨轨不久又被羌人酋长梁饥打败，往西逃到零海去袭击乙弗鲜卑部落，进而占据了他们的地盘。秃发乌孤跟群臣说：“杨轨和王乞基都归顺了我，你们等人没有及时相救，让他们被羌人打败。我感到很惭愧。”平西将军浑屯说：“梁饥没有经远大略，打败他毫无困难。”
梁饥进攻西平，西平人田玄明捉了太守郭幸，自己取而代之，以抗拒梁饥。他让儿子为人质向秃发乌孤求救。秃发乌孤想去救他，但群臣都害怕梁饥兵马强盛，都怀疑是否值得。左司马赵振说：“杨轨刚刚战败，而吕氏势力正强，所以洪池以北的地盘，我们不要寄什么希望。岭南的五郡，倒是可以想法夺取。大王如果没有开拓疆土的打算，我也就不敢说什么。但如果打算经营四方，那么千万不能失去这一时机。让羌人（指梁饥）得到西平，这一带的汉人夷人都会受到震动，将对我们非常不利。”秃发乌孤高兴地说：“我也打算趁机建功立业，怎能就这样坐守穷谷！”于是跟群臣说道：“梁饥如果得到西平，巩固他的山河，将来会很难对付。梁饥虽然骁敢勇猛，但他军令不行，打败他并非难事。”于是率军进击梁饥，把他打得落花流水。梁饥退驻龙支堡。秃发乌孤接着进攻并占领了龙支堡。梁饥单骑逃到浇河，他的士卒阵亡或被俘的数以万计。秃发乌孤任命田玄明为西平内史。乐都太守田瑶、湟河太守张裯、浇河太守王稚都在自己的郡里投降了秃发乌孤，岭南羌人胡人好几万部落也都归附了秃发乌孤。不久后，后凉建武将军李鸾也在兴城投降了秃发乌孤。
同时，西秦王乞伏乾归派秦州牧乞伏益州、武卫将军慕兀、冠军将军翟瑁率领二万骑兵讨伐吐谷浑。
冬十月，乞伏益州与吐谷浑王视罴在度周川决战，结果视罴大败，退保白兰山，并送儿子宕岂为人质向西秦求和。乞伏乾归将宗室成员的女儿嫁给他。
十一月，杨轨和王乞基带领几千户人家回归秃发乌孤。十二月，西平王秃发乌孤改称武威王。
这年，占领仇池的杨盛派使者去依附北魏，北魏顺便任命杨盛为仇池王。
翌年即公元399年正月，武威王秃发乌孤迁都到乐都，派他弟弟西平公秃发利鹿孤出镇安夷，广武公秃发傉檀出镇西平，叔父秃发素渥出镇湟河，秃发若留出镇浇河，堂弟秃发替引出镇岭南，秃发洛回出镇廉川，堂叔秃发吐若留出镇浩亹。他不管汉人夷人，只要是俊秀豪杰，都随才授任，内居显位，外典郡县，无不各得其所。
秃发乌孤跟群臣说：“陇右和河西，本来不过区区几个郡的地盘。现在遭遇战乱，竟然分裂成十来个国家，其中吕氏、乞伏氏、段氏最强。我打算征服他们，你们看三者何先？”杨统说：“乞伏氏本来是我们的部落，终究应当服从我们。段氏不过一个书生，不能成为祸患，而且跟我们关系良好，攻之不义。吕光衰老，嗣子又十分暗弱。吕纂和吕弘虽然有才，然而却互相猜忌。如果派浩亹和廉川的兵马趁虚轮番攻打他们，对方必然疲于奔命。这样不过两年的时间，他们一定会被搞得兵劳民困，那时拿下姑臧估计没什么问题。姑臧一旦攻克，那么剩下的二寇不用攻打就可以征服了。”秃发乌孤说：“说的太好了。”
二月，段业在张掖即凉王位，改元天玺，于是史称北凉的国家正式创立。段业任命沮渠蒙逊为尚书左丞，梁中庸为右丞。
夏四月，鲜卑叠掘部落酋长河内带领五千户人家投降了西秦。西秦王乞伏乾归任命河内为叠掘都统，也把宗室成员的女儿嫁给他。
同时，后凉太子吕绍和太原公吕纂带兵讨伐北凉，北凉王段业求救于武威王秃发乌孤，秃发乌孤派骠骑大将军利鹿孤和杨轨去救他。段业准备出战，沮渠蒙逊谏道：“杨轨仗恃鲜卑人的强盛，有觊觎我们的野心。吕绍和吕纂深入我们境内，采用的是置之死地而后生的策略，我们不能跟他们硬拼。现在不战则像泰山之安，战则有累卵之危。”段业觉得有理，便按兵不战。吕绍和吕纂看到没有决战的机会，很快也就退兵了。
六月，秃发乌孤任命秃发利鹿孤为凉州牧，出镇西平，召原来出镇那里的车骑大将军秃发傉檀入京负责府国事务。
同时，西秦丞相南川宣公出连乞都病逝。
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