利用微生物，在适宜条件下，将原料经过特定的代谢途径转化为人类所需要的的产物的过程，即微生物发酵。
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生活中常见的微生物发酵1. 酒类
啤酒、白酒等均是利用酿酒酵母，在厌氧条件下进行发酵，将葡萄糖转化为酒精生产。
白酒是经过蒸馏而成的，因而白酒的主要成分是水及酒精，还有一些加热后容易挥发的物质，例如各种酯类、其他醇类以及少量低碳醛酮类化合物。啤酒是非蒸馏酒，发酵时酵母将国之重或发酵液中的葡萄糖，转化为酒精，而其他营养成分会部分被酵母利用，产生一些代谢产物，例如，氨基酸、维生素等也会进入发酵的酒液中。
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2. 酱油
酱油生产的主要原料是大豆，还有麦麸、小麦、玉米等，将这些原料粉碎制成固体培养基，在好氧条件下，利用产生蛋白酶的霉菌，进行发酵。微生物在生长的过程中会产生大量的蛋白酶，将培养基中的蛋白质水解成小分子的肽和氨基酸，淋洗、调制成酱油产品。
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3. 醋
日常食用的醋，除了白醋是化学合成的食品级醋酸勾兑之外，其他皆有醋酸菌在好氧条件下发酵，将固体发酵产生的酒精转化为醋酸生产的。醋的味道不同，是因为使用的为深恶菌种或曲种的差异。
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4. 酸奶
牛奶在厌氧条件下，有乳酸菌发酵，将乳糖分解，并进一步的发酵产生乳酸和其他有机酸，以及芳香物质和维生素等，同时蛋白质也部分水解。
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5. 面包
面包是用活性干酵母经活化后，与面粉混合发酵，再加入各种添加剂，经烤制生产而成。面粉发酵后淀粉结构发生变化，更易于消化、营养易于吸收。
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6. 酵素
酵素以动物、植物、菌类等为原料，经微生物发酵制得的含有特定生物活性的产品。
7. 醪糟
又名酒酿，是经过大米蒸煮后，接种根霉，在好氧条件下，发酵生产的含有低浓度酒精和不同糖分的食品。
市面上各类食品中的食品添加剂，约有70%~80%的食品添加剂是用发酵法或发酵产生的酶，加以加工生产的。
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