区分鳄鱼种类主要从牙齿、鼻子形状和身体比例、颜色等几方面分辨。

短吻鳄的嘴闭上时，有很少或根本没有牙齿露出来，你可以看到的牙齿都来自上颚。

另一方面，咸水鳄鱼有很多牙齿，上颚和下颚的牙齿往往都会露出来。

另一个是下颚形状。从上面看，短吻鳄的嘴更短、更宽，更像“U”形。咸水鳄鱼的嘴相对来说更长、更细，更像“V”形。

第三是身体形态。短吻鳄比咸水鳄鱼更矮、更胖、更“蹲”。与身体相比，头部相应地更短更宽。

第四，短吻鳄比咸水鳄鱼的颜色更深，虽然两者都是绿色，但咸水鳄鱼更倾向于卡其色和黄色，而短吻鳄倾向于较暗的绿色、灰色和黑色。

就分支关系而言，它们属于鳄鱼目的不同分支。

有趣的是，短吻鳄和鳄鱼，尽管在形态上更相似，但比鳄鱼和长吻鳄鱼的血缘关系更远，长吻鳄鱼以淡水鱼为食，体型较小。