黑格尔在《哲学史讲演录》中说：“勒内·笛卡尔事实上是近代哲学真正的创始人，因为近代哲学是以思维为原则的。”笛卡尔在哲学史上有一个功绩，他将独立的哲学思维与神学论证分离开，结束了中世纪以来哲学作为神学之婢女的可悲状态。笛卡尔的哲学里虽然仍有着试图论证上帝存在之类的渣滓，但他已经把目光转移到了人的身上，将人（而不神）视为哲学的主要研究对象，他认为除了“上帝的存在”，哲学还应研究“人类的心灵”。因此，可以说笛卡尔是一个带头重建哲学基础的英雄式人物。
生于文艺复兴末期的笛卡尔（1596-1650)
笛卡尔认为人是这个世界的观察者，跟其他动物存在本质的区别。动物只是一架由上帝创造出来的机器，它们虽然精致而奇妙，但缺少了一个灵魂，因而不能够进行思考。与之不同，人是一种理性的动物，擅长怀疑，能够思维，具有着独一无二的本性。人的尊严并不体现在直立行走的躯体之上，而是存在于独立思考的理性之中。理性是世界上分配得最均匀的东西，除了儿童与白痴之外，任何人都能完整地占有它。我们的见识之所以如此相异，并不是因为一些人的大脑容量比另一些人多一点，而是由于我们运用理性的方法各不相同。愚蠢的人偏听偏信、迷信权威，不懂得怎么去开发自己的大脑；聪明的人则独立自主、怀疑一切，懂得整理与纠正一切学来的知识。
哲学既然以追求真理为目的，那么它就应当将理性视为主要研究对象。哲学家们的任务在于说明如何正确地引导人类的理性，以便在各门学问中寻求得真理。作为哲学史上的革新者，笛卡尔在《谈谈方法》和《哲学原理》中以自身为例，论述了自己是如何摆脱成见，怀疑一切，进而找到不可怀疑的原则，并在此基础上重建思想体系的方法。他为我们提供了一个正确运用理性，通过独立思考去发现真理的典范。
《谈谈方法》——笛卡尔哲学的诞生地
独立思考的第一步：摆脱书本的束缚从呀呀学语的幼儿时期开始，一直到成年独立为止，我们的知识基本都是通过灌输式的教育而学来的。因为，在这段时间里，人的理智尚未成熟，就如没有生存能力的儿童需要父母的监护一样，没有独立思考能力的人也需要接受书本的灌输。
这时在理性之中起主要作用的并非是思维，而是想象力与记忆力。我们通过反复背诵、联想记忆来把书本上现成的知识与观念摄入脑海里，并且着重于数量而忽略了质量。这样，等我们长到成年、理智日渐成熟之后，思想中就已经堆积了许多未加以甄选、没有经过考察的知识。我们不知道哪些知识才是可靠的，哪些知识又是经不起推敲只因灌输才被我们接受的。如果我们不运用自己的理性对脑海中的知识进行一次系统的反思与梳理，我们就没法将自我的烙印标记在这些知识上面。也就是说，我们的价值观念、认识体系和是非判断都是别人教给我们的，我们没有属于自己的东西，只是被别人塑造出来的一架机器而已。
这种被成见所束缚的烦恼曾困扰着笛卡尔，他自幼就接受灌输式教育，听信了人们的话，认为靠读书就可以对一切有益于人生的东西得到一种明白且可靠的知识。可是，等他修完所有课程，成为一名顶尖的学者之后，却愈发觉自己是多么的无知。愚蠢的人总是劝人要多读书，而睿智的笛卡尔却发现了多去怀疑的必要性。他偏爱于数学，认为这门学问的基础是最为牢固的，但还不够完善。哲学与神学则显得不够可靠，前者早已经成了聚讼纷纭的是非之地，千百个哲学家就有千百种哲学理论；而后者更是自诩超出理性之上，不容许任何怀疑。
对此，笛卡尔选择在成年之后暂时抛弃理论，完全放弃了书本的研究，决定走出书斋，到欧洲各地去游历。他与各种气质和各种身份的人交往，收集各种生活经验，在他看来书呆子们对于学术问题的判断毫无意义，因为这些判断关系不到他们个人的利害，即使说错了也无妨；而普通人却得为自己的错误判断买单，要更为谨慎出言。人死后灵魂是否不灭？——这对于柏拉图的健康有何干系？明天是否会下暴风雨？——却关系到渔夫的性命！
要想认识真理，就应当摆脱书本的束缚，不要迷信那些书呆子的嘴巴的笔头，要用自己的理性在生活之中独立思考问题。
笛卡尔反对书斋式的学术研究
独立思考的第二步：大胆地去怀疑1620年，在投笔从戎、参加三十年战争之后，当年冬天，笛卡尔将自己关闭在一间暖室里，他利用沉思的方法来重新梳理脑海中的知识。
每个人的知识都是通过不同的老师、不同的书本授予的，就如许多工匠共同雕琢一尊石像一样，在经过众手之后，它早已面目全非、失去特色了。既然我们在成为大人之前都曾是儿童，都在很长的时期里被不同的老师们所支配，而他们之间又是如此的良莠不齐。那么，我们就需要在理智成熟之后，利用沉思来对所学的知识进行一番梳理。
这种梳理更类似于楼房的翻新，我们首先得考察整个知识大厦的地基，判断这些灌输进来的知识是否可靠，小心地避免无知的偏见与顽固的成见。然而，脑海中的知识经过十几年的堆积，在数量上已经难以估量，要想通过理性这把尺子来对每条知识进行校正乃是不可能的事。为了便捷起见，笛卡尔选择采用“怀疑一切”的做法。也就说我们直接假定一切灌输进来的知识都是不可靠的，都需要重新进行检验。用笛卡尔的话来说，就是：
要想追求真理，我们必须在一生中尽可能地把所有事物都来怀疑一次。凡可怀疑的事物，我们也都应当认为是虚妄的。
怀疑是打破权威、避免洗脑的最好方法，通过怀疑我们才能将别人宣传、灌输进来的偏见清洗干净。在未成年之前，知识都是别人教给我们的，而怀疑能力却是我们理性中固有的东西，是自我的体现。在运用理性的时候，怀疑被放在了首要地位。我们不盲从、盲信任何观点，而是直接假设一切外来的知识都不可靠，或者是那些灌输知识的人不怀好意，或者是我们的感官具有欺骗性。为此，在接受某个观点之前，都要采取谨慎的态度。凡是没有论据的观点，凡是未经实践检验的东西，我们都对此存疑。要知道，在这个世界上，存疑的东西要远远多于可信的东西。宁可疑而不决，也不可轻信于人，用怀疑来排除一切成见。
在沉思中，利用怀疑来清洗成见
独立思考的第三步：发现可靠的知识基础与古典的怀疑学派不同，笛卡尔并不以怀疑为目的，而是把它当做手段。通过怀疑，我们能将一切不可靠的知识全都连根拔起；这样，剩下的那些不可置疑的东西便成了新体系的牢固根基。在笛卡尔看来，“我思故我在”（Cogito,ergo sum）就是一条不能被怀疑拔起的知识，他说：“我毫无疑虑地接受这条真理，把它当作我所研究的哲学的第一条原理。”
笛卡尔认为我作为一个实体，可以设想我所在的世界、所在的地点都不存在，但是我没法设想自己也不存在，因为我是“设想的主体”。而根据斯宾诺莎的看法，所谓的“我思故我在”和“我是能思想者”是等值的论断。我可以设想世界不存在，但我不能设想我不是思想者，因为没有了思想者，设想就毫无意义。对于这个命题是否如笛卡尔所说的不容置疑，我们不展开评论，而是采纳他的核心观点——怀疑的目的是要找到可靠的知识基础，并将这些知识用来作为我们思想体系的根基。
这些可靠的知识一般以公理的面目出现，如洛克在《人类理智论》中提到的“一物不能同时存在而又不存在”，以及“一加一等于二”，“所有人都会死”等等，都是经过无数代人反复验证并承认的知识。而某某伟人的观点、某某宗教的信条、某某权威的理论都不配与这些原则并列，除了这些公理之外，没有任何理论是不容置疑，不能拿出来公开讨论的。
笛卡尔认为真理具有清楚而且明晰的特点，它不是神神秘秘的遁词，也不是不为人知的天启。只要是真实的、可靠的，就能明确地表达出来。真理虽然会被谬误与谎言所蒙蔽，但是一旦真理被确认，它就永远不会再被谬误所取代。
我无法设想我不是能思想者
独立思考的第四步：摆脱怀疑，重建思想怀疑一切的目的是把别人灌输给我们的成见排除掉，只留下可靠的知识。之后，我们便在这些可靠的知识上重新建筑属于自己的思想体系。用笛卡尔的话来说就是：
我这样做并不是模仿那些为怀疑而怀疑并且装作永远犹疑不决的怀疑派，因为正好相反，我的整个计划只是要为自己寻求确信的理由，把浮土和沙子排除，以便找出岩石或粘土来。
那些自幼灌输而来的知识，除掉偏见部分外，可靠的内容将作为岩石留存下来，它们与作为粘土的生活经验一起堆砌在牢固的地基之上，成为修筑大厦的材料。知识的构建并非如简单的制造工具那样：要想炼铁（学知识），就得先有铁锤（书本、老师），而想制造铁锤，又必须有别的铁锤或别的工具（读别的书，找别的老师），如此递推以至无穷。
知识体系的重建应是这样的：先从最确定、最牢固的几条公理出发，就如要先造出简单的工具一样，然后在其基础上通过独立思考来进行逐步推演，循序渐进，从简单、粗陋工具进化成复杂工具，从简单公理推演成系统的思想体系，如此一步步进展，以至无穷。
因此，独立思考分为四个阶段：第一，先离开书本，从生活中获取可靠的经验；第二，通过怀疑来排除掉灌输进来的成见；第三，怀疑完后，找到那些可靠的知识，以此作为基础；第四，在牢固的基础上摆脱怀疑，重建知识体系。
