古代
斯科普里地区在公元前4000年左右开始有人居住。在斯科普里城堡附近发现了新石器时代的集落的遗迹。
最早来到斯科普里的人们很有可能是色雷斯人部族特里巴利人。
公元前3世纪，达达尼亚侵略了斯科普里。
在公元前2世纪，达尔达尼亚王国的领域扩张至尼什至维勒斯一带的地区。
公元前29-28年，罗马帝国正式支配斯库皮之前就驻扎在这里。
395年开始，斯库皮由拜占庭统治。
在5世纪中期，斯库皮很有可能是一个大主教辖区的中心。
中世纪
在拜占庭统治时峙期，斯库皮是地区的贸易中心和军队的驻扎地，有着重要的地位。
拜占庭皇帝查士丁尼一世（527-565）出生在陶雷修姆（Tauresium）。
斯库皮在518年的地震中完全毁坏。
在972年至992年期间，斯库皮是保加利亚第一帝国的首都。
1018年又被拜占庭支配，之后又被保加利亚统治。
1189年，斯科普里曾被塞尔维亚统治过较短时间。
13世纪中期，斯科普里成为保加利亚封建领主、后来的保加利亚沙皇君士坦丁一世的首都。
1282年，斯蒂芬·米卢廷二世从拜占廷手中取得斯科普里的支配权。
米卢廷之孙乌罗斯四世以斯科普里为首都，之后自称为塞尔维亚人和希腊人的皇帝。
1346年，乌罗斯四世成立了以斯科普里为首都的塞尔维亚帝国，大主教座升格为总主教座。
1355年，乌罗斯四世突然逝世，分裂为数个小公国。
奥斯曼统治时期
奥斯曼帝国征服了巴尔干半岛各地，并且在1392年征服了斯科普里，斯科普里都由奥斯曼统治。
15世纪，斯科普里市内设立了Kapan An和Suli An等众多队商旅馆。
1689年，于斯屈普曾被哈布斯堡王朝的大将皮科洛米尼（Enea Silvio Piccolomini）短暂占领。
在1873年，开通了于斯屈普至塞洛尼卡（斯科普里至塞萨洛尼基）的铁路，许多旅行者和商人都来到城市，人口也恢复到了之前三万人的水平。
1903年，马其顿内部革命组织对奥斯曼帝国发起了一场有组织的叛乱。
1912年8月12日，奥斯曼势力被逐出都市。
巴尔干战争至第二次世界大战期间
1913年《伦敦条约》签订后，塞尔维亚政府开始统治马其顿。
第一次世界大战爆发后，保加利亚王国于1915年占领了斯科普里。
1918年至1939年期间，斯科普里成为新成立的南斯拉夫王国的一部分。
1941年4月7日，纳粹德国占领了斯科普里，之后又划给了保加利亚。
