1945年8月30日，麦克阿瑟乘坐巴丹号专机来到日本，开始对日本进行统治。
为什么说是统治，因为此时的麦克阿瑟在日本拥有绝对的权力，他领导的盟军总司令部负责维护日本战后的秩序、为日本制定新的规则、法律，还掌握着审判日本战犯、日本天皇的生杀大权。
图|麦克阿瑟（左）主持日本投降仪式
麦克阿瑟认为日本人会痛恨他，他此次来到日本心中也不免有些紧张，因为日本虽然已经投降，但是日本国内还有数量相当多的军队并未解除武装，盟军的主力部队此时也并未登陆并占领日本，他想象的日本人一定对他充满着仇视的目光，甚至极端的日本军人会对他开黑枪，但他却看到了另一番场景。
在行驶去市内的路上，沿途几十里道路两侧站满了拿着枪的日本士兵，不同的是当麦克阿瑟的汽车行驶过来时，士兵们纷纷转过身，背身面向麦克阿瑟的汽车，后来了解到，这个待遇只有日本天皇才能享受到，而这样的场景正是裕仁亲自下令安排的，意在向麦克阿瑟示好。
除此之外，麦克阿瑟所到之处丝毫没有感受到日本人的仇恨，相反，他却获得了英雄般的礼遇，这些都出乎了麦克阿瑟的预料。
虽然刚到日本，还未与日本天皇裕仁见面，但是麦克阿瑟对裕仁的恭顺颇为满意。
9月27日，裕仁到美国大使馆会晤麦克阿瑟，这是两人第一次见面，也是裕仁当了近20年天皇以来，第一次走出皇宫去拜访客人。
两人的会晤也留下了合影，照片中麦克阿瑟双手插背后，极为随意和威严，旁边站的是身材矮小、衣着严谨、表情极不自然的日本天皇裕仁。
图|麦克阿瑟与日本天皇的合影
关于两人这次见面，麦克阿瑟极为满意，据《麦克阿瑟的回忆录》记载裕仁见到麦克阿瑟直接说道：
“麦克阿瑟将军，我是作为对我国人进行战争时，在政治和军事方面所采取的一切决定负完全责任人来到这里的，是向你所代表的那些国家投案并接受审判的。”
麦克阿瑟听完很惊讶，因为他没想到裕仁会这么说，他在回忆录中表示自己“很受感动”。麦克阿瑟在回忆录中记录了与裕仁第一次见面后的感受：
“对于天皇如此勇敢地承担一种意味着死刑的责任，我深为感动，一股钦佩之情油然而生。他是一位世袭君主，但在那一刻，我却感受到了这位日本第一先生的诚意。”
也就是从这个时候开始，麦克阿瑟萌生了一个想法：那就是如果保持日本战后的稳定以及美国能顺利统治日本，那么就要利用裕仁，如果将裕仁当作战犯处理，麦克阿瑟认为将不利于美军的统治。
我相信如果天皇被定罪，甚至被作为战犯处以绞刑，那么盟国将被迫在全日本设立军政府，而游击战争很可能就无法避免了。有鉴于此，我把天皇从战犯名单里划掉了，但天皇本人对这一切并不知晓。——出自《麦克阿瑟回忆录》
麦克阿瑟的想法其实是毫无道理的，裕仁作为发动战争的最大战犯，却逃出了审判，那国际公正和道义何在，而且审判裕仁是彻底杜绝日本再次走向战争的最彻底方法，可惜，麦克阿瑟却被日本表面的恭顺给迷惑了，并作出了错误的决定。
在这样的想法下，麦克阿瑟走到了正义的对立面，他改变了彻底清算战犯的想法，并开始琢磨如何避免日本天皇及皇室成员受到处罚。
不知道麦克阿瑟在作出这个决定时，是否想到了珍珠港内葬身日本飞机下的3000名美军士兵，是否想到了惨烈的硫磺岛战役，更是否想到了被日本侵略的亚洲各国，这些始作俑者正是日本天皇裕仁，可是身为盟军总司令的麦克阿瑟却不想着如何伸张正义，却在苦思冥想着为最大的战犯脱罪。
麦克阿瑟对日本的统治手段开始出现了转弯，除了战犯问题，就连对待靖国神社的问题上麦克阿瑟的做法也违背了初衷。
图|审判日本甲级战犯
靖国神社是位于日本东京都千代田区九段北的神社，供奉着自明治维新时代以来为日本战死的军人及军属，大多数是在日本侵华战争及太平洋战争中阵亡的日军官兵，其中还包括14名日本甲级战犯及众多乙丙级战犯。
关于靖国神社，美国人看得很清楚，美国国立公文馆保存着一份1944年的美国政府的“战后计划委员会”的机密档案。档案中写道：
“靖国神社等神社并非我们所认为的宗教。它们崇拜军国主义分子，培育了攻击性的国家主义精神，这样的神社违反信教自由，应当关闭……”
除此之外，1945年，美国陆军部下令拍摄了一部影片，叫《认识你的敌人：日本》，影片有这样的解说："对于日本人，最高的荣誉就是战死后被供奉在靖国神社，因为连天皇也会去俯首参拜，所以日本人与其投降倒不如选择战死。"
美国的档案和影片其实已经把靖国神社的本质揭露了出来，那时的美国人对靖国神社也很痛恶，清楚一旦靖国神社得到保留，对日本军国主义意味着什么，所以美国人对靖国神社的态度，在最初是一致的，那就是必须取缔。
所以在美军进驻日本初期，麦克阿瑟计划烧毁靖国神社，而且100多名美军士兵已经带着汽油进入了靖国神社，只等一声令下，靖国神社就会灰飞烟灭。
但这个命令麦克阿瑟迟迟没有下达。
图|审判日本战犯
与此同时，美军的举动吓坏了日本人，他们开始想方设法地要保住靖国神社。靖国神社权宫司负责人横井时常想出一个花招，他决定利用盟总尊重信教自由的政策，以纯宗教的姿态维护靖国神社。
1945年11月，横井亲自拜访盟总宗教科科长巴斯，提出了靖国神社由国家神社变为宗教庙宇的方案，为诱使盟总接受该方案，横井甚至提出，可以考虑将靖国神社一带变成以学生为主要服务对象的娱乐一条街，设立剧场、音乐厅、美术馆等。此外，日本军国主义分子还煽动由战争遗孤组成遗族会向盟总递交请愿书，希望盟总保留靖国神社。
横井的障眼法最终骗过了巴斯，巴斯对横井的方案大加赞赏，并提交给了麦克阿瑟。
注意，此时的麦克阿瑟已经被日本人恭顺所迷惑，而且在麦克阿瑟的心中，已经不再坚持彻底清算日本战犯，所以他的建议也是保留靖国神社，并以盟军总司令部的名义向美国政府建议：“应该保留靖国神社，废止恐怕反而会增加事端。”这个建议得到了美国政府的认可。
麦克阿瑟不仅同意保留靖国神社，还同意日本政府在靖国神社举行大祭，是的，你没有看错，身为盟军总司令的麦克阿瑟竟然同意日本以国家公祭的形式，公然在靖国神社为战犯进行祭祀，是不是很荒唐。
1945年11月20日，在盟总的监视下，靖国神社举行了大祭，这是日本战败后的第一次，也是最后一次由国家主持的大祭。日本天皇裕仁和首相币原喜重郎为首的政府各级官员以及日军代表参加了大祭，参拜者人数达到3万人。
很难想象，这样的场景竟然发生在日本向同盟国投降之后，这根本不是战败国该有的举动，
图|14名日本甲级战犯
毫无疑问，出于自身利益，麦克阿瑟和美国政府在对待日本军国主义遗留的态度上步步妥协。
1945年12月15日，麦克阿瑟发布指令，宣布废除日本的神道教，但这条指令却同意靖国神社继续存在，靖国神社终于逃过了灭顶之灾，美国士兵的汽油终究是白准备了。
1946年，盟军司令部再次发布命令，禁止日本天皇参拜靖国神社，却没有禁止日本政要参拜。
之后，在中、苏等国的强烈要求下，美军用水泥将靖国神社内纪念日军侵略战争的13米高的大石灯笼抹平，不过并没有撤出神社中供奉战争亡灵的灵位，而这些灵位，直到现在都是日本右翼分子的精神支柱。
日本投降后，很多日本人都认为日本将亡国，但谁也没想到日本不仅在战犯问题上没有被清算，就连精神信仰的靖国神社也得到了保留。
为什么美国一意孤行，坚持保留靖国神社，盟军总司令宗教科科长巴斯后来在接受日本NHK电视台采访时回忆说：“继续制裁日本，不是我们的愿望，那时的日本，正按照我们的期望在行动。”
图|东条英机的孙女东条由布子
美国政府的行为实际上是纵容了日本，靖国神社供奉着众多日本战犯，没有将其彻底烧掉，就意味着没有从精神上彻底清除军国主义残留，使得靖国神社长时间成为日本不法分子的精神所在地（东条英机的孙女东条由布子就经常拿着东条英机的照片到靖国神社，意图为战犯翻案），而这些都是美国出于自身利益故意留下的隐患。
参考资料：高岚：《靖国神社的幽灵》，军事科学出版社2002年1月版；《麦克阿瑟回忆录》
